Arquivo Histórico está dividido em Arquivo Fotográfico e Arquivo Documental, foi ampliado sobremaneira com a doação do acervo da família Boiteux, do Rio de Janeiro. O Documental, já praticamente todo organizado, constitui-se de milhares de correspondências de toda ordem, além de documentos variados e uma gama de papéis avulsos.
Arquivo Fotográfico, cujas imagens estão sendo digitalizadas por estagiárias do curso de Biblioteconomia da UFSC, orientadas pela professora Eliana Bahia constitui-se realmente numa coleção representativa de fotografias do Estado nos inícios do século XX.
IHGSC já possuía um certo número de fotografias antes da entrada da Coleção José Boiteux que significou um marco na história do Arquivo da Instituição.
Agora são mais de 20.000 retratos, vistas e fotografias de toda espécie, que documentam fatos históricos, científicos, políticos, econômicos e sociais.
trabalho desenvolvido aplica metodologia de conservação e arquivística compatível com o acervo e integra uma política básica regida pela premissa de que cada fotografia permaneça perfeita e da forma que é, através de tratamentos técnicos específicos à permanência da integridade de cada peça, dentro de uma ordenação lógica, e com apoio técnico.
A pesquisa nos Arquivos também está aberta aos associados e público em geral, contados individualmente, sendo seu uso feito de acordo com normas aprovadas pela Diretoria.